1911年11月6日，马德罗以墨西哥宪法总统的身份正式就职。这一时刻实现了看似不可能的梦想。他历经了一段艰难而曲折的道路，挑战了一个专制、压迫性的政治体制；这个体制曾迫害并监禁了他以及他的许多支持者，其中许多人在这场革命中失去了生命。
他的上台带来了希望和期待。人们相信他的执政能够改善人们的生活状况。那些支持他竞选活动并响应他号召拿起武器的人们的愿望，终于有可能实现。这个国家几十年来首个民主政府的合法性是无可争议的，其民众的支持同样坚实。他以99.3%的得票率赢得了总统职位，成为了一场人民革命的胜利领导者。
在就职演说中，他谈到了自己执政的期望：
<p class="nota-justify：“我认为我的政府是在良好的兆头下开始的，因为墨西哥人民已经证明了他们行使政治权利和自我治理的能力。人民几乎一致地投票选举我担任共和国总统，这让我充满希望：为了完成赋予我的艰巨任务，我将得到所有善良的墨西哥人的支持。这将使共和国很快恢复正常秩序，摆脱危机的影响，走上和平、自由与法治的道路。”
马德罗的内阁成员大多来自反连任党以及他的竞选团队，例如阿布拉罕·冈萨雷斯担任内政部长，米格尔·迪亚斯·隆巴多负责通信事务。他的副总统何塞·玛丽亚·皮诺·苏亚雷斯也得到了他的高度信任。他还任命了自己的两位亲属：叔叔欧内斯托·马德罗负责财政，堂兄拉斐尔·埃尔南德斯负责发展事务。在战略要职——战争部，他任命了何塞·冈萨雷斯·萨拉斯将军，这可能是当时他唯一信任的军事人物。
为了与“雷吉斯主义”（Díaz执政时期的主要政治势力）建立联系——这一与“科学派”（Madero的支持者）长期对立的政治派别——马德罗任命曼努埃尔·卡莱罗负责外交事务。这是一个温和的内阁，所有成员都得到了他的信任，并在过去的艰难时期证明了他们的忠诚与承诺。他们代表了马德罗的竞选理念及其政党。
然而，马德罗并未在内阁中给予那些在武装起义中崭露头角的新兴民间领袖足够的重视，因为他们属于更为激进的派别，代表了长期被边缘化的农村阶层，例如帕斯夸尔·奥罗斯科、弗朗西斯科·维拉和埃米利亚诺·萨帕塔等人。
在武装起义期间，马德罗与这些领袖之间存在矛盾：他们行事独立自主，代表了那些要求社会变革的激进农民和工人阶层。他们的目标不仅仅是政治革命，更是彻底改变农民、工人、手工艺人等弱势群体的生活状况，打破少数家族的特权垄断，让正义不再成为权贵压迫人民的工具。
马德罗政府从一开始就面临诸多困难和阻力。统治阶级、大企业家、地主、成功商人以及媒体业主都担心自己的利益会受到威胁，担心多尔菲里奥时代带来的“黄金时代”即将终结。军队高层感到受辱，不确定新总统是否会抛弃他们，转而依赖地位较低的军官；或者是否会继续信任他们来支持自己的政府。
马德罗政府面临的主要矛盾在于：虽然他的目标是建立民主制度，但这一目标引发了一场政治革命，彻底推翻了庇菲里奥时期的寡头统治。这一变革固然重要，但更为深远的是，它也引发了一场社会革命——民众领袖和基层群众要求更彻底、更迅速的变革。因此，他们对马德罗通过制度渠道解决社会问题的速度感到失望。
保守派很快意识到自己不会受到压制，可以自由表达反对意见、批评总统及其政府而不会受到报复。曾经依赖庇菲里奥政府金钱和恩惠的媒体，在获得言论自由后，开始对马德罗进行猛烈抨击，这影响了部分公众的看法，削弱了人们对马德罗政府维持稳定与和平能力的信任。
马德罗政府的核心困境在于：是选择改革，还是继续革命？民主制度能否不仅实现统治者的自由选举，还能解决社会问题？这正是马德罗所面临的重大抉择。
