自2018年以来，国家选举委员会（INE）与行政和立法部门就该机构的预算分配及其11名成员的薪资问题发生了多次争执。目前这些成员的月薪为26.2万比索（毛额）。
争论的焦点主要有两点：一是国家选举委员会具有自主权，因此可以根据自身需求分配资源；二是根据《联邦公务员薪酬法》，总统的薪资标准并不明确。此外，有人认为还应考虑其他相关开支，例如现任总统克劳迪娅·谢因鲍姆在总统府的居住费用及其他相关支出。
这些成员的薪资高于总统的薪资，如果昨天提交给参议院的新的政治选举法案获得通过，总统的月薪将被限制在13.4万比索以内。该机构的主要管理人员（包括11名成员）均属于这一薪资群体。不过在2023年上任时，国家选举委员会主席瓜达卢佩·塔德伊曾要求较低的薪资。
该机构的所有员工（约1.8万人）享有的福利均高于法律规定，例如更高的医疗保险待遇。
安德烈斯·曼努埃尔·洛佩斯·奥夫拉多尔执政期间，这一薪资问题一直备受关注，他批评这种自主权被用来谋取特权。在准备举行总统任期否决投票之际，国家选举委员会向最高法院提起了宪法争议。法官们的裁决要求众议院重新审议这一问题，并以清晰、客观和技术性的方式说明薪资数额的合理性。
国家选举委员会指出，这些调整会影响到公民的权利，因为资金不足可能导致投票站数量减少。关于薪酬问题，他们强调这些薪酬受到宪法保护。
“这并非特权问题，而是选举机构自主权和独立性的问题，”时任国家选举委员会主席洛伦佐·科尔多瓦表示。
